沒聽說6400aaks這顆有什麼相容性問題，
相衝的可能性不高，不過..

BIOS設定有變更過嗎?
開不了機的狀況如何? 有沒出現可以判別的錯誤訊息?
完全抓不到，還是抓的到卻進不了作業系統?

曾經灌過P5QL-E的驅動嗎?
這塊板應該需要晶片驅動才有辦法讓其他設備都正常運作，
不過沒灌似乎不會影響到開機，
但不排除可能性。

有無做過最簡開機?
除去開機必要以外的設備，只留MB RAM VGA HDD 鍵盤 滑鼠 電源 螢幕，
檢查是不是power不足瓦問題。

SATA線與POWER線狀況OK?
硬碟本身上面的插座檢查下，跳線也檢查，
排除連接與設定問題。

硬碟SMART狀態確認過了?
接在別台電腦OK，也許只是時間測得不夠久。

提供的訊息不夠多，沒辦法幫你推出大概問題在哪。