根據過去在國立某研究所一般生的經驗...

沒入學前
請看簡章規定，沒寫也最好打到對方系辦過去問
最好不要考驗規定比較好
總之按規定來，不清楚就問，不要覺得自己可以躲的過
除非那間學校太鳥只想要賺錢
不然都會好好審查你的

至於入學後就比較不一定了
因為各個系所雖然都有規定
但是也都會有一些所謂的不成文內規
也是要跟系上事先溝通好
一般來說你入了學後，只要是沒有發現之前你都有去系主任溝通
按理說都會找一個比較合理的方式混過去（畢竟有誰喜歡看到一個學生花了這麼多時間，卻沒辦法畢業？）
但是如果你都沒有溝通，等到學校發現，這時候誰都救不了你

不過啦，一般來說
國立的在職專班能夠入學的考生
通常他/她的職位「等級」也沒那麼容易被資遣啦，所以樓主的問題應該對這些人來說不太可能
至少不是他們第一個擔心的問題（比較需要擔心有沒有時間唸書吧 ）

也許不一定每間碩士專班都這樣，總之這是我的經驗