[1] 記事本的開啟方式是一次讀入，小檔尚可大檔肯定掛，加上其設計本來就沒針對大檔案讀取作特殊處理，所以久是正常的，更何況你的檔案大小甚至有超過100MB；UltraEdit則是只讀取片段，捲頁時再讀取，你所翻捲到的頁面，一定比較快。

有機會自己寫個小程式嗎？
每個檔案只擷取前面一小段，例如100MB取100KB，我想你的文字檔格式應該也是一段一段重複性，看前面一小部份，後面的格式也是相同的；如果我的假設成立，這樣做會不會讓你的分析工作快些？

[2] 我不知道你的資料經過整理後，是要以什麼方式呈現，查詢/歸納/整理方式為何？
從你的字裡行間似乎是做新聞檢索？類似Google打Keyword後，列出你所要的各條新聞（內容/時間/出處...）？

方法與習慣不好該改就是得改；筷子都不會拿了，怎麼夾豆腐？
如果我沒猜錯你的需求，就算轉成MSDE/MSSQL，
HDD I/O效能還是會拖效能，更何況你老闆是拿隨身碟去access。

[3] 請查詢 "Primary Key" 以及 "Indexes" ，這兩者加了之後，對 Insert/Update/Delete 沒有幫助，但對 Query 幫助非常大請適當加上（多或少都不好）。

只是恐怕你的資料量...MSSQL也撐不住...

或許規劃DB+分散式的架構會比較適合你。