個人意見:

"你說國語嗎 ?"
強調的是 "你願意用國語跟我溝通嗎 ?"

"你會說國語嗎 ?"
強調的是 "我質疑你有沒有能力說國語 ? "

當然如果這樣想的話.
"Can you speak xxx ?" 就比較不禮貌了.