該UBCD映像檔中本來就包含開機區，但是開機區並不在一般資料區中，
所以把可開機的ISO解開的話，自然就遺失掉開機區了，
除非您使用如UltraISO直接開啟ISO檔編輯後儲存，這樣就不會遺失開機區。

至於您說的OpenDOS試著載入看看後，載入時中間的項目都只是在選擇載入裝置的驅動及設定選項而已，
基本照道理應該不會對您的USB隨身碟中的資料有甚麼影響才是，
不知道您進入OpenDOS所為何事？重開機進入OS之前，在OpenDOS下有做了哪些動作呢？
老實說，我過去還沒有使用過裡面的OpenDOS，因為用不到，所以實際如何我並沒有經驗囉，

會不會是單純的偶發狀況，剛好被你碰上了，不然可以簡單試一下吧，反正隨身碟中的資料是已經沒了，
進OS重新格式化後再丟資料進去再來試幾次，看看相同狀況還會不會再發生囉，

至少我插著隨身碟並照著上面做了一遍後，甚麼都沒做就直接重新開機進入OS後，
檢查隨身碟中的資料並沒有遺失，所以想會不會是個巧合而已...
使用的是買了有三年多了的 創見 JetFlash 512MB 隨身碟，

為什麼會這樣在廢話了一大堆後....結論是我不知道，等別的大大來解答吧，呵呵。