12所頂尖大學
國立台灣大學 http://www.aca.ntu.edu.tw/ntutop100/
國立成功大學 http://campus4.ncku.edu.tw/~campus4/top/
國立清華大學 http://www.nthu.edu.tw/index-c.html
國立交通大學 http://www.nctu.edu.tw/Top/index.htm
國立中山大學 http://www.ora.nsysu.edu.tw/top-U/index.html
國立中央大學 http://pine.cc.ncu.edu.tw/~ncutop1/
國立陽明大學 http://www.ym.edu.tw/top/
國立中興大學 http://140.120.61.137/nchu-top100/index.htm
國立台灣科技大學 http://www.ntust.edu.tw/top/
國立政治大學 http://www4.nccu.edu.tw/ezkm12/front/bin/home.phtml
長庚大學 http://memo.cgu.edu.tw/ic/top/2.htm
元智大學 http://www.yzu.edu.tw/top_unv/index.html

26所教學卓越計畫大學 http://www.csal.fcu.edu.tw/Edu/program_school_les.asp
學校名稱 96年度核定補助經費額度
1 國立中正大學 58,000,000
2 國立東華大學 63,000,000
3 國立高雄大學 45,900,000
4 國立高雄師範大學 49,440,000
5 國立新竹教育大學 49,700,000
6 國立彰化師範大學 44,100,000
7 國立暨南國際大學 49,600,000
8 國立臺灣師範大學 56,000,000
9 國立臺灣海洋大學 48,800,000
10 國立聯合大學 49,500,000
11 大同大學 38,100,000
12 中原大學 86,100,000
13 中國醫藥大學 80,340,000
14 世新大學 81,370,000
15 玄奘大學 40,600,000
16 亞洲大學 56,650,000
17 東吳大學 103,000,000
18 東海大學 60,000,000
19 高雄醫學大學 59,100,000
20 淡江大學 86,520,000
21 逢甲大學 118,650,000
22 華梵大學 49,500,000
23 義守大學 56,300,000
24 臺北醫學大學 65,920,000
25 輔仁大學 89,610,000
26 靜宜大學 59,740,000


共三十八所