他的意思應該是:

使用 port 80 (IE) 可以經由公司網路出去.
然後自己使用 ftp 就經過 3G 手機上網出去.

也許你可以考慮設公司內部的 Proxy ? (隨便找個同事的機器安裝 Proxy Server, 然後把 proxy 指向他)

不知道 Linux 的 iptables 有沒有可能辦到.