請問您的硬碟是7k250或t7k250嗎？
我碰到類似這樣的問題許多次，最近朋友也發生了一次，系統從fat32到ntfs，混切的到獨立的都有，看來應該不是作業系統檔案格式的關係；ntfs對資料保存的安全性較高是沒錯，不過前提是硬碟本身必須正常。我個人及周遭朋友遇到硬碟突然間就莫名其妙遺失資料，檔案錯亂或mbr無故毀損，或者正常重開機完partition消失，總之就是造成硬碟中資料損毀或消失的情況，共同的條件都是用7k250或t7k250，看容量的話就是市售的日立160g和250g兩款。如果您的資料還在，可以試著將所有的檔案co到另一顆正常的硬碟上(若是還co得動的話)，然後用本機或別台電腦開啟看看，若是不行，可能就要花錢請專人處理了。
坊間找得到的救援程式，如果沒有真正使用過的熟人，建議您還是不要冒險，救不回來就算了，要是因為救援的動作(即使是正確的操作)讓資料亂掉，可能都會使復原的難度三級跳；如果裡面的資料真的很重要，那幾千塊錢還是忍痛花下去比較實在...
一點傷心的小經驗跟苦水而已，您就加減參考看看吧...>_<~