依照大大你這邊的說法小弟提供幾個問題排除方法。
(只不過可能要再麻煩大大整個系統砍掉重灌一次)

ㄧ、重灌好之後不要上網啟動也不要灌任何驅動(除了VISTA內建有抓到的)...
直接做重複開機、關機動作幾十次看會不會有相同的現象發生。
如果沒有的話可以初步先排除是VISTA安裝光碟出現問題。

二、上述第一的方法試過沒有問題的話就上網啟動，啟動後一樣做上述的開機、關機。(一樣任何驅動都不要安裝)
如果嘗試開機、關機幾十次之後都沒有發生相同的問題，那也可以初步排除是啟動造成的

三、上述第二方法試過也沒問題的話就下載NV的官方驅動回來安裝...
安裝好之後一樣做上述的開機、關機測試，如果會發生控制台內容不見的話。
那麼就可以初步判定是NV的驅動造成的，下述步驟四就用來判定是否為NV驅動造成。

四、如果是這樣子的話請想法子在控制台圖示恢復時將NV驅動移除...
記得也要到裝置管理員裡頭將顯示卡解除安裝(過程中會問說要不要將一些元件也移除，請記得要把該選項打勾)...
這個步驟完成後VISTA會要你重開機，重開機後再進行開機、關機測試。
如果不會再發生控制台圖示消失的話那就可以斷言是NV驅動搞的鬼。

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如果步驟一或者二就會發生控制台圖示不見的話那請樓主直接聯絡微軟台灣技術支援

如果是到步驟三或者四才會發生，那請樓主使用它牌的顯卡(非NV)再測試看看。
亦或者將此一情形回報給NV作為解決BUG的根據，期待NV新版驅動可以解決你的問題。
或者利用VISTA線上更新安裝微軟自帶的NV驅動，看看會不會有相同的情形發生。

希望以上幾個小步驟可以幫的上忙，也祝大大早日解決問題。