1.我的系統也是安裝K-Lite codec pack，
試過MainConcept MPEG Encoder確實可以支援支援H264系列及AAC方面的轉檔，只是開啟.mkv選擇檔案時你要改成用.*.*(all files)才能選．不過這點我沒確認過到底是裝了K-Lite codec pack使得MME可以支援.mkv轉檔，還是MME本身就原生性的支援轉.mkv

2.樓主的TMPGEnc Plus是舊的第二版的嗎?
如果是的話通處理內含AC3/AAC的影片轉出來的檔案可能會遇上沒有聲音的情形．

3.樓主的用途建議直接用MME轉應該就可以解決．