感謝以上各位大大的回應，小弟將其解答整理了一下：

RM或RMVB中跳出視窗的訊息無法清除，但可用覆蓋的方式消除，步驟如下：
1.先去下載Real Media Editor
2.開啟rmedtgui_eng.exe
3.點選File→Open Realmedia File，開啟所要操作的rm或rmvb
4.新增一個空白的文字文件，檔名任取
5.回到Real Media Editor，進入Tools→Merge Events，然後點選剛建立的空白文字檔，會跑一段時間，將原本被設定有跳出視窗動作的設定檔，換為此空白檔案
6.另存新檔，點選File→Save Realmedia file as...，儲存時檔名後記得加入副檔名rm或rmvb

RM和RMVB的差異：
主要就是採用的編碼不同而產生兩種格式，RM採用的是real 8.0，而RMVB採用的是real 9.0，因此當然RMVB會比RM好一點，至於詳細的說明請見下面網址的內容：
http://club.21php.com/archive/index.php/t-197.html