除了MD5, 還有SHA-1等多種更嚴謹的驗證法.
不過,小弟覺得找其他的來驗證可能也是多此一舉, 因為只要系統沒問題,複製貼上這樣的動作十分穩定極少出錯.
加上您已經使用過MD5驗證過,任何一個bit的差異,都會讓MD5 hash值完全變樣.
而不同檔案要出現同MD5 hash值的機會, 比連中十次樂透都獨得頭獎的機會還低.

如果不同硬碟的效能不同,或許也會有影響.畢竟慢的硬碟效能比較低.
而MD5雖驗證檔案內容是相同的,但是寫在磁盤磁區上的實際分布狀態並不同,
若存放在離散破碎的檔案磁區,讀起來要進行很多搜尋找下個區塊,一定比連續整塊的要不容易順暢的播放.
像如果都是寫入空白光碟,內圈寫到外圈一路到底都是連續的,兩張撥起來應該效果會相同.
個人淺見.