我遇過樓主這情形
我的電腦中同時接了一個sata硬碟和一個ide硬碟
也是以sata灌系統作開機碟
但有一次進bios修改記憶體參數後無法改機
就清除cmos後重開
結果一樣出現ntldr missing無法開機
進bios把硬碟開機順序改成sata在ide之前
竟然也無效
它仍然判定ide硬碟是開機碟
後來費了一番功夫甚至重灌bios依然判定ide那顆是開機碟
重灌還發生怪事，系統灌在sata但導入系統的ntldr卻在ide令我啼笑皆非
反正後來終於想起以前曾發生過一次類似情形
只要先把那顆ide硬碟拔掉
重開進bios設定sata開機順序在ide之前
就能正常開機
一旦抓到一次sata是開機碟
關機再把ide硬碟裝上去
重開就會以sata開機然後出現偵測到新硬體(那顆ide硬碟)的訊息
我的情形是這樣，完全搞不懂為何會有這種事

主機板是MSI K8N Neo2 Series (MS-7025)