我可能沒辦法解決你問題，但有個想法，請參考

我有一台PC (7200.10 x2 raid 0) 用 superxp 7.1 裝的 （sata 驅動是用主版光碟裡的），情形跟你一樣，裝系統裡的檔案不能刪，連空資料夾也不能刪，但後來加入的檔案都可以刪; 原因不解，我曾重灌過一次，情況一樣，最後就不理他了

我今年七月底買了1台 Hp 2607, 我是重灌 xp pro (不過 vista 也快出來了，你也可以考慮等等）
重灌前建議先燒一次還原光碟（一台筆電只能燒一次，而且這應該是除了筆電背後那張正版貼紙以外，唯一正版 xp home 證明吧，當然機身序號應該也是可以，補充： xp home 跟 xp pro 序號不通用），若要多個備份的話，以後可用酒精 做 iso檔，在燒到其他光碟
若要重灌，請備份c 分區裡的一個資料夾 (好像開頭是 swxxx 的，我忘了，裡面是該機器的驅動程式安裝檔，和 NIS 2006 (90試用，換 nod32 比較好）），除非你的機子有附驅動光碟（我另一台 asus a6km 有），不然會找驅動會找到死，hp 台灣 或 美國 官網超爛，上次我灌完 xp pro, 到處找不到藍牙驅動, 只好用還原光碟回復，copy 驅動，再重裝一次 xp pro，折騰了半天，氣死我了
若要重裝的話，建議分區用 ntfs

希望有幫到你，至於不能刪的問題，請其他大大補充
謝謝