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時間變短我是沒遇到過

幫你解決第二個問題好了
mux的話，MKV現在只建議支援MP4封裝的AVC
所以先把raw stream的.h264封裝成.mp4，這個步驟使用mp4box來作
去找mp4box的執行檔，然後用批次檔(.bat)使用下面這個參數作封裝


MP4Box.exe -fps 29.97 -add X:\raw.h264 X:\video.mp4
fps部分跟檔案路徑視實際情形調整。

接下來用MKV把MP4跟AC3封裝起來
不過我可以問一下，你分離後又封裝是不想要MKV格式嗎?
但事實上MKV是除了MP4外最適合AVC的容器，而且同時支援AVC跟AC3的也只有MKV最好用，MP4是完全不支援AC3