小弟的大學跟碩士教育是在台灣完成的,
所以去日本唸的時候是唸大學院(即台灣的研究所).
日本大學的入學,不管大學院或大學部應該是都需要先通過所謂"日本語能力檢定".
(現在似乎改為以"日本留學試驗"為基準,"日本語能力檢定"反而比較少用了.)
然後再接受各大學的入學考試.

在大學的部分,
通常各大學會有"留學生特別試驗',
但並非一定.

如果是大學院的部分,
那通常要先跟申請學校的老師取得聯繫,
如果老師願意收,
那再去日本當"研究生"
(跟台灣的研究生定義完全不一樣.另外,去之前須先取得日語檢定一級資格或日本留學試驗某種成績以上),

若是老師覺得你在當"研究生"時的表現可以接受,
那他就會准許你參加大學院入學考試.
不過大學院入學考試的題目和日本人是一樣的,
考試也是一起考的,
所以就看個人努力以及造化了.
考過了就是大學院生,也就是台灣所謂的研究生了.

近年日本有些大學願意收只懂英文的學生,
這種情況就把"日本語能力試驗"與"日本留學試驗"的所需資格,
改成"托福"或SAT之類的就行了,
不過小弟不太清楚標準多少就是了.
印象中,托福好像是被採用最多的吧.