config (設定值的資料夾)
downloads.bak
downloads.txt
Template.eMuleSkin.ini
Incoming (新進檔案的資料夾；如果是使用預設值的話)
Temp (暫存檔案的資料夾；如果是使用預設值的話)

PS:
安裝好eMule之後再將所有的檔案[覆蓋]回去即可(原設定值都不會跑掉)。