我不清楚那台是什麼規格的 (文中沒有提)
但你說讀取 VOB 時發生問題
或許是 DVD 直接燒錄型的 DV ?? 或是 DV 接 1394 然後壓 DVD.
無論如何....你手上的已經是 DVD 的對吧?

如果直接處理 VOB 的話
我自己都用 DGIndex + AviSynth 2.5+ + VirtualDubMod 1.50.2 (2005 版)
平常轉 DVD (mpeg2) 為 mpeg4 的方式全都是以 DGIndex 為主
以上的方法都是 open-source 的軟體, 但效果很好.

如果你不轉 mpeg4 而是想再轉回 mpeg2
方法是在 Virtualdubmod 內直接用 loseloss codec 轉成 AVI (會非常大)
然後丟給 mpeg2 的壓縮程式去吃那個超大 avi 檔, 這樣做可以減少一次失真.
由於 DGIndex + AviSynth2.5+ 這個組合, 並沒有重新壓縮的過程 (沒有失真)
丟給 vitrualdubmod 又做出 loseloss 的 avi (又沒有失真)
可以得到最接近原貌的 re-produced dvd 出來.

另外也可透過 vfapi 的方式跳過製造 loseloss avi 這個超大怪物檔
不過不是每個程式都有支援 vfapi.....我沒試過 (因為我都不壓 mpeg2)
參考之

ps. DGIndex 是以 DVD2AVI 1.77.3 為藍本改出來的, 目前的功能與強度已經遠遠超過許久沒有更新的 DVD2AVI 了.