樓主啊, 你很確定你沒看錯??
我也是Altis車主, 已經開了三年四萬公里了.
N往下撥就是D, D再往左撥才是3.

排檔座上有字...鋸齒排檔有溝槽...儀錶板還有檔位指示燈...
你怎麼會把3跟D弄反呢??

要不然車主手冊也有圖文說明, (手冊應該還在吧?)
請翻到1-6節, "點火開關, 變速箱和手煞車" 的 "自排變速箱", 第100頁...
有鋸齒式排檔桿的詳細操作圖解.
(我不知道05年的車主手冊頁次會不會不一樣...僅供參考)

回到原先的主題, 用三檔開並不會怎麼樣, 就是比較耗油而已, 不用擔心.