如果大大的機殼是直立式的話，小弟的看法是把缺口朝向機殼後方的系統風扇((換句話說，缺口方向與桌面成水平)，由系統風扇將熱氣直接帶走。
如果把缺口朝向北橋(缺口方向與桌面垂直)，可能會將熱氣帶到北橋，增加負擔。
個人看法而已，如果不嫌麻煩，垂直、水平 兩種方向都試試，看哪一種比較好

PS.大大~~您的散熱器是這一顆嗎?