因為你問的問題和 jitter 的相關性不大，資料儲存在硬碟裡和資料儲存在 DVD-R 上，和 jitter 不太有關係，所以我覺得您可能是不清楚 jitter 的定義。關於 jitter 的定義，以前討論過許多次，網路上也可以找到相關資料，所以小弟才建議您，先去研究到底什麼是 jitter，這樣您的問題自然可以迎刃而解。
主要是因為小弟現在不方便打中文，所以才以很簡短的回答，提示您方向，希望您不要介意

jitter 有三種意義，第一種，在過去因為有一個燒錄軟體的說明書，把光碟機在讀取音軌時的偏移問題，會往前多讀了幾個 sample 或者往後少讀了幾個 sample，稱為 jitter，也就是把 offset 稱為 jitter。因為這樣錯誤的使用這個名詞，所以直到現在，也有人把 offset 的問題稱為 jitter。offset 並不會造成音質的變化。
第二種意義，是指光碟片上 pit/land 坑洞的長度不會精確地符合規定的長度，會有左右的誤差，如果這個誤差大到超過容許的範圍，就會發生資料讀取的錯誤。這是在光碟片上發生的問題。
第三種意義，是指電子原件運作所依賴的時鐘(clock)，在時間軸上發生飄移抖動的現象，造成時鐘不準確，電子原件沒有在正確的時間點上工作。譬如說 DAC 做數位類比轉換，假想一個 PCM 波形，是一個一個 sample 的數值以固定的時間間距排列，如果每一個 sample 在時間軸上前後抖動，造成 sample 與 sample 之間的間距不一樣長，還原出來的類比波形就會發生改變，使音質產生變化。以上只是一個方便理解的說明，真實 DAC 運作的情況並不是這樣。

不同光碟片使音質發生變化，可能的原因是第二、三種情況，有一種說法是光碟機在讀取資料的時候，馬達和伺服電路讀取的難易程度、工作的穩定程度，會干擾到位於同一電路板上的時鐘，使時鐘的 jitter 增加，進而影響 DAC，造成音質產生變化。
然而在一篇 AES 的論文中，工程師使用機器測量、實驗、觀察，並沒有發現到這種現象。
取而代之的，他們認為是因為讀取時馬達啟動停止運作等等的狀況，影響了電源的穩定，造成 DAC 工作時的參考電壓發生改變，進而影響轉換後的音質。
不論原因是什麼，在他們的實驗中，請了兩組人馬來做黑箱測試，在一體型的 CD Player 上，也就是 CD 轉盤和 DAC 做在一起的 CD Player 上，確實發現人耳可以分辨不同 CD 片燒錄出來產生的音質變化，具有明確統計學上的意義，不是亂猜的。
而在分離式的 CD Player 系統上，則沒有觀察到音質的改變和 CD 片有相關的現象。

所以回到您的問題，硬碟和 DVD-R 裡面儲存的資料，如果有正確的讀取出來，因為您是壓成 APE，資料一定要正確讀出來才能解壓縮，所以假設正常的情況下，資料都有正確讀取出來，那麼不論資料原本是儲存在硬碟上，DVD-R 上，或者磁帶上，最後解壓縮所得到結果都是一樣的，並不會有 jitter 的問題。
等到燒錄機把解壓縮後的資料燒進光碟裡，這時根據你所使用的燒錄機，使用的光碟片品質，系統電源的穩定，甚至什麼光碟機拖盤的顏色等等，這些因素才會影響到燒成的光碟片的 jitter。
所以結論是，以硬碟儲存或以 DVD-R 儲存，跟 jitter 是沒有大太相關性。
以上是小弟個人的看法