檔案格式?MP3?APE?
有用taskmgr看過foobar2K的CPU使用率?
如果是CPU使用率高的異常(超過20%)或許是檔案有點瑕疵造成解碼上的問題。

試著把檔案拿到其他PC上播可以看是不是檔案有問題，沒有的話可以調大foobar2k的檔案緩衝大小；還有DMA也檢查一下。