說點偶自個的方式吧。。
用分離處理的方式。。

相應的Codec有裝的話(Realcore10或Realcore10.5之類的最好裝一下，以後處理RM/RMVB類的會很方便)
用VirtualDubMod v1.5.10.1讀出AVI裡的特別的音軌格式(Demux，基本上AC3、DTS、Mp3、OGG都可以正常輸出(偶自個都試過的，汗。。)；Wma的好像也是可以的。。但音軌格式的這種的並不是很常見)
AC3 Decoder v1.24c可以將*.ac3轉換成一般的音樂格式(Wave、Mp3、Wma，不過建議最好還是轉成Wave，這東東純轉換成Wave最快。。)
Mp3、Wma、Ogg這類的能處理的就更多了。。(就是轉換成自個喜歡的音頻格式，如Mp3之類的。。)
Advanced WMA Workshop v1.49b、FairStars Audio Converter v1.52可以考慮下。。
(DTS的忘了那個能處理了。。)
一般如果不是要作拉伸比例的話(如2.21：1改成16：9)
TMPGEnc XPress v3.0424轉換視訊的部份就很夠了。。(批量一次處理一堆都行。。)
要改變比例且需要些特別的設定再用TMPGEnc Plus 2.524.63.181來處理。。
最後再把視訊跟音訊用工具合併
Nandub v1.0rc2、VirtualDubMod v1.5.10.1這兩個應該足夠處理了。。
(合併速度是Nandub比較得多，但毛病也多了些。。)