如果沒記錯的話，小弟的解釋是：

諫迎佛古文是反對當局者迷信神祉，
為了佛骨舍利子而大興土木，建造佛寺供奉，
畢竟在之前的南北朝梁朝就有先例，
而且唐朝經過安史之亂後國力已大衰，
實在無法再做此項舉動。

而祭鱷魚文則是借物諷人，當時潮州地痞流氓橫行，
魚肉鄉民，因此韓愈藉此文表示將大力整頓地方。

所以兩文在小弟看來，韓愈本身並沒有矛盾之處。