這個問題困擾我很久 ->後來打電話去技術支援
一位聲音很酷且熱心女生幫我解決了

同時有兩顆HD
一個S-ATA HD (灌Winxp + 主機板S-ATA driver)
一個P-ATA HD (灌Win2000)
希望用S-ATA開機

翻爛了說明書..還是搞不清楚到底要怎麼用
接一顆HD都很正常
兩顆HD同時用..每次都是進P-ATA的OS (Win2000)

後來那個ASUS的女生一步步教我..
大部份的步驟我都設對..但最後一步我沒設..所以失敗
正解如下 希望能對有跟我有一樣問題的user有幫助:

BIOS設定
1.進Main Menu -> IDE Configuration
Onboard IDE Configuration Mode 調成 [Enhanced Mode]
Enhanced Mode Support On 調成[P-ATA + S-ATA]
Configure S-ATA as RAID 調成[Yes]
Serial S-ATA BOOTROM 調成[Enabled]
(這樣設定完之後如果有save和重開機後,再進Main Menu只會看得到P-ATA的HD)

2.進BOOT menu -> Hard Disk Drivers
這邊只要有接多顆HD就能調由哪一顆開機
如果想用S-ATA的話就把它調成1st Boot Device
不然BIOS好像都會優先讓P-ATA當1st Boot Device (有錯請指教)

這樣就ok了

這種問題其實我爬過文沒找到答案(或者說我不認得答案)
也不知如何發問 (怕問了蠢問題所以不敢問 XD)
終於搞定了
個人心得
各位前輩見笑了
希望能解決也有此困擾的網友們