最後終於把問題解決了，
我裝了微軟Q331958 這個更新之後，
再用酒精把 Fedora Core 2 DVD 做成映像檔就OK了，
現在在NTFS單一檔案可以超過4G沒問題了，但不確定跟這個更新有沒有關^^?

另外上面提到我用Flashget 1.65不能下載，其實是我看錯了..
我原本是裝1.60a，現在更新成1.65已可正常下載..
提供給各位做參考，感謝tw1965大的指教..