請問,對系統C槽做FAT32轉NTFS,系統資料會不會完了？

Win2K sp4
筆電 ~ 一顆60M HD分成C: D: E:
全部為FAT32
Win系統在C:

最近買了DVD燒錄器才發現，不能讀/使用，單檔超過4G
自己收集了一些資料，發現原因出在我的每一個槽都是FAT32
應轉至少一個為NTFS
但，又不能轉D: E: 卻不轉C:，否則C: 會不認得D: E:

問題1 :
但系統又做在C:，若針對C:來轉，轉完之後原系統還在嗎？
不會要先format C: →做NTFS →再重灌吧？！

問題2 :
轉換步驟是否為【開始】→【所有程式】→【附屬應用程式】→【命令提示字元】。在命令列上輸入「CONVERT c:/fs:ntfs」

以上請各位先進指導