小弟也有遇上類似的情況.
在 ID4 裡面.
有兩種版本.
其中一種是 "電影版", 另外一種是 "Director Cut" 加長版.

如果看完整的片子長度, 是 6G 上下.
但是, 如果 Re-author 時, 可以發現兩個 Title 都是 5.3G 左右.

根據比對之後, 兩邊的差異是加長版有多兩三個章節...

所以我猜測. 兩邊應該只是 "index" 差異. 如果有更完整的 DVD Editor 的話.
應該可以找出這點.