會不會是因為那顆新硬碟沒有在 fdisk 設成可開機 ？

試著只裝那顆新硬碟(沒記錯的話 jumper 要調 Master)，
在 fdisk 裡設成可開機，然後重開機，在BIOS設成光碟開機，
再試試看吧！這樣就可以單獨用這顆新硬碟開機了！