Media Player Classic 播放的時候，按滑鼠右鍵，選 Filters（中文版我不知道翻譯是什麼，可能是過濾器，或者是篩選器），裡面有列目前你全部使用的 Filters，包括 Decoders，看看正在解碼的是那個 Decoder。
由你裝的東西來看，可能會跳出來解碼的 Decoder 有三個，一個是 DivX 5.03。用 DivX 5.03 來解 XviD，DivX 5.03 太舊了，又有 bug，解 XviD 可能會有問題。如果是 DivX 5.03 在解，在 DivX Decoder 的設定裡面，把 "Support Generic Mpeg-4" 的選項取消，不要讓 DivX 來解 XviD 的檔案。
不過一般來說，新版的 XviD 會覆蓋 DivX 的這個設定，不讓 DivX 跳出來解碼，所以這種情況的可能性不高。

第二個是 XviD 1.01 自己來解，如果是 XviD 1.01 自己來解，就應該不會有問題。
所以最有可能的是正在解碼的是 ffdshow，ffdshow 安裝好以後，它的優先權是最高的，會把所有格式都搶去解碼。
用 ffdshow 解碼也沒有什麼不好，問題出在於你用的 ffdshow 解碼器版本太舊了，舊版的 ffdshow 處理 XviD + B-frame 的檔案，會直接丟掉 B-frame 不顯示，造成你覺得畫面移動不順暢，好像在跳的感覺。

解決的方法有二，一是關閉 ffdshow 中解碼 XviD 的設定，將它關閉以後，ffdshow 就不會跳出來解碼 XviD 的影片。
二是去下載新版的 ffdshow，新版的 ffdshow 已經修正，可以正確的處理 XviD + B-frame 的播放。
http://athos.leffe.dnsalias.com/

我建議下載 ffdshow-20040520-p3.exe 的版本，這個版本才有最佳化，解碼速度比較快。
如果你是用 P4 CPU
http://mitglied.lycos.de/ieggei2/ffdshow/

用 ffdshow 解碼，好處是解碼速度比 XviD 自己快很多，解碼負擔比較輕，壞處是它預設使用的 iDCT 演算法是 simple idct，解碼 XviD/DivX 的檔案畫質比較差，要手動把這個設定改成 "XviD"，使用 XviD 的 iDCT，畫質才會和 XviD 一樣。

P4(SSE2) 版本的 ffdshow，好像已經把 iDCT 的預設值改成 XviD 了。
如果沒有改，自己找一下選項在哪裡，手動更改也可以，ffdshow 設定很複雜，沒設好會有一堆問題，所以趁這個機會多瞭解一下有哪些設定，也是一件好事

不行，AVS2AVI，是把 .avs 轉成 .avi，所以只吃 .avs。
你可以把 .aup 轉成 VFAPI 的 AVI，然後用 Avisynth 開啟這個 AVI 檔，寫成一個 avs script，就可以交給 AVS2AVI 去壓縮。
或者對 AVS 語法熟練的，直接就可以在 .avs 中開啟 .aup 檔載入。
詳細的語法以前曾討論過，可以搜尋 snic 大大的文章。