我提供一下我的經驗...
我之前也出現如你們一樣的問題,在反覆轉檔測試後發現,如果事前將聲音分離並轉成LPCM後再與影片合成,則無此問題,因此推測應該是dvd player在解MPEG1 Layer-2的聲音編碼時出了問題,雖然轉成LPCM就解決了問題,但實在很費工..
經由一連串的實驗證實問題出現在dvd player上,所以就從dvd player著手,把所有的選項都叫出來看,終於發現一個設定聲音OUTPUT的地方,在那裡原本的設定是MPEG->MPEG,將它改為MPEG->PCM後,這個困擾我許久的問題終於解決了...

PS1:我的dvd player 是 pioneer dv-515,擴大機是pioneer C-300
PS2:若你的dvd player無此設定的地方,則除原本的光纖線外,可以考慮加接一條audio線到擴大機的另一組輸入上,當看此類的dvd時,則切換到這一組上,也是ok的,這是我之前的解決方法.

以上的經驗提供給有此問題的人參考.