個人的看法
如果將NEO昏迷那一段視為無線上網
則未免太看輕導演所要表達的意涵

我覺得當NEO昏迷時應該就是處於一種"靈魂出竅"的狀態
而猜測導演的想法，其實不管是電子零件或人腦
都不過是靈魂意識的載體罷了（因此說明了"獅滅世"為何能將意識轉移到人類身上）
如果以此繼續推論，則電影中"靈魂"之設定的確存在
且劇情也不斷說明與暗示，其實機器與人類的本質上是相通的
因此機器同樣具有和人類相同的靈魂（或者說意識、精神體等）

這也解釋著為什麼會有一個"現實世界與MATRIX交界的模糊地帶"
雖然MATRIX實體上為機械構成之矩陣
但超脫另一個層次觀之，也可說是一群龐大的意識體之結合
（類似EVA或太空戰士電影"生命之源"的設定）
所以MATRIX也可看成類似宗教中天堂或冥界的地方
許多傳說人死亡後會來到奈何橋或天河等中界地帶
然後等渡船者或引魂人接引至冥界
我認為M3中的車站就有這樣的意味存在

既然人類的意識與MATRIX在本質上相同
故NEO無線上網或空手爆烏賊等都有辦法解釋成
使用靈魂的力量去影響或改變另一個意識
而劇中提及NEO的力量來自萬物之源
應該指的不是機器之sourse
或許是一種超脫人類與機器形體的東西（比較屬於宗教的層次）
也就是說萬物之源包括人類與機器之範疇且更居其上
我認為應該是所有"意識體"誕生與回歸的地方
太空戰士7與電影版也有這種論調（人類與異形的本質均出自星球之源）

如果以上說法無誤
則劇中金色畫面代表的是比綠色程式碼更高之層次
像NEO透視"獅滅世"的"真身"時
看到的景象不似程式碼
而是一種類似"氣"的感覺（靈魂）
所以金色畫面代表之意涵可能為萬物之源之本質（涵蓋在人類與機器之上）
解釋成"生命"、"意識"、"靈魂"等似乎比較恰當
劇中NEO為什麼看不到女主角，可能是因為她的"生命"已經消逝之故
當然主要的原因還是為了製造故事****

總之或許這樣的推論仍然有瑕疵
但我覺得其實第三集要傳達的訊息太過隱晦（幹嘛不說人類與機器根本系出同源）
所以仔細深思，實在令人玩味