祭師與肯德基爺爺同是存在於母體的兩個強大主控程式，一邊負責平衡一邊負責失衡，但又保持合作微妙的關係。一切都是由祭師說服已經脫離母體的人相信有救世主的存在，並告訴相信的人救世主會結束戰爭，他需要一個不受母體控制的人來幫他搞破壞。
其實 NEO 是祭師所選上的人類，莫菲斯會找上 NEO 也不是巧合，這是祭師特意的安排。假設之前有六位救世主最後都選擇錫安毀滅，那麼便是肯德基爺爺平衡了系統。而 NEO 的存在是祭師為了破壞母體的平衡所特意培育出來的，與電腦人想消滅入侵程式或駭客甚至是祭師有同樣功能，不同於 NEO 有著一半肉體與一半母體程式碼，這一半的程式碼應是祭師附予 NEO 的，但是 NEO 能不能成為救世主要看他有沒有覺醒，
這與電腦人純粹是程式編碼不同。
祭師永遠不能左右 NEO 的選擇，但能得知選擇後的結果，於是看起來就像是預知能力。例如要不要救被抓的莫菲斯看 NEO 的決定，而莫菲斯被抓早就是演算預定後的結果了。我認為 NEO 覺醒了後將 SMIT 程式爆碼是出乎祭師的意料之外，當然也不在肯德基爺爺控制範圍內。由於 SMIT 程式碼改寫不再受至於母體的控制，但是基本本質不變又可以有將其他程式同質化的能力，說是複製也不太對，應該說像是附身控制該程式或軟體，但又能使用或吸收原來的程式的優點。
SMIT 利用此一項優勢大量吸收複製程式，主要目標還是想幹掉 NEO，有點像是為了復仇，因為即使是程式也有情感的存在。SMIT 入侵了真實人類的腦袋，證明了兩個世界都能夠有共存關係。NEO 在現實世界有肉身，母體裡也有著程式暗碼，借助這些編碼產生超人的能力。由於 NEO 選擇救崔尼蒂，只要母體不宣告死亡崔尼蒂就不會死，所以 NEO 救活崔尼蒂也在意料之中。
至於 NEO 可以在現實世界將烏賊檔下，應該是與母體有了某種形式上的連結，現實與虛幻之間的聯繫的關係，這個關係也許就是透過火車人所在的世界來完成。而在火車人的世界可算是另一套系統的母體可能是規模較小，但是火車人可是管理者 NEO 在那裡沒有暗碼可以用當然會被扁慘！
NEO 最後一次去見祭師時，祭師早就有所覺悟，要解決 SMIT 這個意外的程式，需要用到他本身的程式能力，讓被同化後 NEO 母體才有機會將 SMIT 消滅。
即使 NEO 被 SMIT 同化後，由於 SMIT 有著祭師的程式碼，雖然力量強大但是 NEO還是可以藉由同化利用預藏的的編碼讓肯德基爺爺來消滅 SMIT。而 SMIT 發現這原來是陷阱已經來不及啦！至於祭師為何還會存活，是因為 SMIT 並不是強其程式覆蓋掉，而是控制著該程式又保有自身的能力而已！NEO 是否死亡？未有定論！
而錫安的存亡根本無關於母體的安危，不管 NEO 選哪邊錫安都要滅亡，這是由於 NEO 與肯德基爺爺談條件，錫安才能得以存活。


ps.以上純為幻想！