小弟一些怪怪的想法，請參考...

1.尼歐的死、活已經沒有關係了...所以結局也不必提到，也就是說尼歐的生死並不是伏筆...這是個很好的結局，而不是留伏筆或是留下一堆沒解釋的結局，因為.............

a.第二集中錫安居民對尼歐的行為(排隊給祭品、貢品以請求尼歐幫助、保佑他們的家人)
b.尼歐是造物者的Function，他到機械城市所感覺到的是一個極美麗光亮的城市，這對他來說算是Heaven，對於也算是半個程式碼的尼歐來說，機械城市或許是個天堂...

總而言之，在結局中...尼歐已經由“救世主”轉為“神”格化了，他救了人類與機械，就像西方的上帝或是東方的佛祖一樣，而他的前五代輪迴感覺有點像達賴喇嘛，神是沒有所謂的生死的...乘著白蓮到西方極樂世界，永遠受到人們的膜拜與感恩，所以祭師回答小女孩能否再見到尼歐...“總會有一天”...

莫菲斯等人相信尼歐的信念，或許可以反應“信上帝者得永生”......

2.崔妮蒂的死是圓滿的.......有點宿命論...會死的逃不掉...尼歐只是延續的她的生命...並給她生命的第二次機會...為所愛的人付出一切，甚至犧牲生命...更得以向尼歐說出自己臨終時真正內心想說的話，這在現實的人生中是個圓滿的旅程...簡言之，如果你有一天死了，卻來不及向所愛的人說出心裡的話，或幫助所愛的人，而你祈求上蒼給你這個機會，若你得到了這個機會，你也會死而無憾的...

3.解釋史密斯的死，不需要那麼複雜，記得史密斯是“脫離母體控制，不願意被刪除的程式”吧？！史密斯都是在複製程式，而程式與機械本身並沒有連結，現在尼歐經由機械連線到母體，與史密斯同化之後等於機械可以直接控制史密斯，“刪除”史密斯就解決了，可以誇張一點的說...直接按“Delete”就搞定了...

以上純屬個人想法，請勿見笑.......