(1) 要看你說的色塊是哪種色塊。
如果是淡入淡出時的色塊，
a) 用最新版的 XviD，開啟 VHQ，強迫 XviD 判斷最有效率的壓縮方式，避免淡入淡出時動作搜尋效能不佳的現象
b) 觀察那一段，是否被密集壓成連續多個 I-frame？用 VirtualDub 開啟壓好的檔案，按 shift + 方向右鍵，以 keyframe 為單位前進，看看淡入淡出那一段是否都是 keyframe（VirtualDub 的狀態列也會顯示 [K] 代表 keyframe）。如果都是 keyframe，如同上面 LOCK.LAI 兄說的，改變 "Below i-frame distance", "I-frame bitrate reduction %" 設定
"Below i-frame distance" 是設定 I-frame 間距在多少以下，視為太過密集的 I-frame
"I-frame bitrate reduction %" 是設定，太過密集的 I-frame 要減少多少分配 bitrate
這兩個設定是連動的
例如
I P P P I P I I P P P P P P.....

"Below i-frame distance" 設 4，間距不到 4 就視為太過密集，上面所有的 I 都判斷為太過密集
"I-frame bitrate reduction %" 設 30%，則第一個 I 會被減少分配的 bitrate 30%，後面的 I 會逐漸回升，到最後一個回復為原本的 bitrate
c) 如果你是用 api-4 版的 XviD，可以設定 Zone，把那一段設為一個 Zone，設定這個 Zone 的權重（Weight），將這一段的相對品質提高，或者這一段固定用較低的 quantizer 壓縮
d) 提高整體的流量，也就是提高目標檔案大小，或者固定用 quality 100 or q=2 壓縮。
e) 2-pass 可用 Curve compression，給高動態畫面多一點流量，不過不好控制，不建議使用

如果你說的是暗部的色塊....
最好的方法，用 MPEG quantization。
或者是用一些 filter 對畫面加工。

(2) Koepi http://roeder.goe.net/%7Ekoepi/
善用 www.google.com 大神搜尋

(3) 各有優缺點

(4) 最佳畫質.... 不同訊源會有不同設定，最基本的，Doom9 的 "Newbie" Settings
a) 按 Load Defaults
b) Motion Search Precision 6
c) 不要用 Modulated Quant，當然也不要合併使用 Modulated Quant + B-frame
d) 動畫類訊源通常不適合使用 B-frame，不過也有例外。Maximum B-frame 不要設超過 2 個
e) 使用 B-frame 時要勾 DX50 B-VOP Compatibility
f) 不要用 Packed Bitstream
g) 開啟 VHQ，VHQ 越高品質越好，壓縮時間越久
h) 不要合併使用 VHQ + GMC，事實上不建議使用目前的 GMC
i) Quarter Pixel 會增加畫面的銳利度，不過對不同訊源，Quarter Pixel 有時會降低壓縮率
j) 勾選 Chroma Motion
k) 不要用 Lumi Masking
l) 不要用 Alt. Curve
m) Chroma Optimizer 會降低 Chroma 的 PSNR，對於視覺的效果目前尚未有定論，您可以自行斟酌要不要使用