簡單來說，FAT32有單一檔案4G的限制，NTFS沒有。而FAT32可以在DOS看到，NTFS就只能用在NT架構的OS，例如XP、2000，而在98、ME以及DOS下都看不到。

NTFS，適合檔案資料多且複雜的，或是有用到單一檔案4G以上(例如影音處理、TV錄影)、或是有加密、設定使用權限需求的人。否則，用FAT32也沒差，只是一段時間後最好重組一下。

若OS是XP、2000，可以用光碟先分割、格式化要存放OS的磁區，其餘的就等安裝好再來處理。


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