和漫畫版比較起來應該是各異其趣吧？漫畫版各集發行的主題如下（轉貼自友站最新漫畫書訊） ：
○空想科學大戰（１–５）–原作：柳田理科雄／漫畫：筆吉純一郎（尖端）。
　第一冊、忠於科學原味的巨大超級英雄與怪獸故事！
　第二冊、忠於科學原味的等身大改造超人故事！
　第三冊、忠於科學原味的巨大戰鬥機器人故事！
　第四冊、忠於科學原味的宇宙戰艦之旅與戰爭故事！
　第五冊、全員團結一致齊心戰鬥並忠於科學原味的空想科學故事！
　※摘自空想科學大戰二之作者序文。

故事中的種種設定及分析不見得合理，放下理性、放輕心情來看，倒是可以由其中得到不少樂趣，其中第三冊的簡單說明請看友站「你最想駕駛的機器人」主題：巨大機器人ＫＵＳＯ近作