(以下節錄自Windows XP說明與支援的Microsoft Knowledge base文件)

NTFS 的缺點

小於 400 MB 的磁碟或磁碟分割區不適合使用 NTFS，因為 NTFS 會虛耗磁碟空間。所虛耗的空間用於 NTFS 系統檔案形式，通常在 100 MB 的磁碟分割區中至少會用掉 4 MB 的磁碟空間。

目前 NTFS 並不支援檔案加密。因此，有人可以從 MS-DOS 或其他作業系統開機，再以低階的磁碟編輯公用程式來檢視儲存在 NTFS 磁碟分割區的資料。

您無法使用 NTFS 檔案系統來格式化軟碟片；Windows NT 會以 FAT 檔案系統來格式化所有軟碟片，因為 NTFS 虛耗空間的特性不適合用於軟碟片。