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kazama 2011-05-20 01:26 PM

引用:
作者Ayan63
突然想到一個例子, 如果我說...

我正在讀博士班, 論文研究需要大量的計算, 我也學 F@H 開發一套讓大家借我運算能力的程式幫助我完成論文就像大家幫助 F@H 完成計算一樣, 至於成果

1. 論文的題目不管是大到大霹靂的複製, 地球氣候變遷, 還是小到電子遷移率的增加, 22nm製程改善, 絕對都會對全人類有幫助, 就像 F@H 算蛋白質大家都說有幫助一樣, 沒錯吧
2. 論文本來就是公開的大家申請的到網上也搜的到當然也能自由引用這也跟 F@H 一樣, 這也沒問題吧
(想到, 如果 F@H 對找到的答案申請專利他人無法自由引用, 那, 還能大聲的說對人類全體有益嗎)

看來需求跟目的都很偉大跟 F@H 一樣
那, 當這個研究生把他的需求 Post 出來時...
有人會理他嗎, 還是會說你給林北裝笑偉 :rolleyes:

如果運算結果資料庫被大量研究論文引用,比如:
http://folding.stanford.edu/English/Papers

應有助於提昇認同度. 不過連有大量研究論文引用的運算結果都有人
說成是浪費電,沒人要引用的運算結果被說成莊笑維也就不足為怪了.

DavidCh 2011-05-21 03:41 AM

well, 在另外一篇M2090的文章裡面看到一句蠻有趣的

"根據NVIDIA的官方測試,4塊Tesla M2090加4顆CPU的系統可在AMBER 11分子模擬運算中,每天完成69納秒的模擬。而之前僅使用CPU的超級電腦,最高記錄也不過每天46納秒。
"

這代表什麼意思呢? 一條胜肽練摺疊成為蛋白大約是10^-3次方秒尺度的事情

然而原子尺度間各種的鍵結, 力學作用等等, 是最小從10^-15次方秒尺度開始往上發生

也就是說一條蛋白的模擬, 需要以10^-15次方秒為frame size一路模擬到至少10^-3秒這麼長的時間

以專用的系統來跑一整天都只能跑69ns, 想想你我的系統一天能跑多少?

蛋白質摺疊好只是整個研究最初步的模擬, 之後還要看這個模擬的蛋白能不能發揮作用

那需要更多更多的模擬工作與運算時間

不是我們覺得跑個十年八年就一定砰一聲能看到什麼東西的

而且據我所知目前學術用跑的分子模擬都還是極度簡化的東西

各分子內電子雲只是用上簡單的方程式概略描述, 跟水的作用力也是使用方程式蓋過

做分子與分子間的作用時候甚至不同區塊的模擬精度都不同

我們還需要更強大的運算能力啊~


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