因李登輝與其父交情深厚，所以轉投臺灣團結聯盟，任臺聯秘書長。
2005年曾獲總統陳水扁提名為監察委員候選人，但因立法院擱置人事案未能順利出任。2007年3月6日，因黃政哲辭職而正式遞補臺聯不分區立法委員，重返立法院。2008年為臺聯唯一轉戰區域的不分區立委，也形成當年三位立委在臺北縣第二選區對戰的特殊情形，不過林志嘉最終僅獲數千票，大敗給尋求連任的民主進步黨立委林淑芬。
2013年11月22日，林志嘉正式宣布參選第2屆新北市市長選舉。選前與民進黨新北市長參選人、前行政院院長游錫堃進行新北市長參選整合民調，決定退出讓游錫堃代表泛綠參選新北市市長。
2016年2月1日，立法院院長蘇嘉全宣布林志嘉獲任命為立法院秘書長。
2020年2月1日，立法院院長游錫堃宣布林志嘉獲續任為立法院秘書長。
是說應該沒人認為台聯是藍的吧
即便起頭這堆都是藍營出去的
而即便李登輝沒轉投綠營然難道你也會認為李登輝是藍的?
而我前面也說了在這炒兒盟是藍還是綠根本假議題
沒有爆雷以前這機構一堆人喜歡拿來掛頭銜洗形象
然後不管藍的還綠的都沒有人真的認真去參與營運
全都一個樣