講商業豆、精品豆這個很容易起爭議，但是商業豆一向最為人詬病的地方就是瑕疵豆的問題，尤其是很低價的商業豆，有自己買生豆的人可能就會發現，價格低的生豆瑕疵率很高，有時候可能要挑掉30%甚至50%以上，光挑豆就搞到頭昏眼花了，而且挑掉一堆豆子後也不見得有便宜到。
商業豆最大的優勢就是價格便宜，不過種商業豆的農民收入就不好看了。有興趣的可以看一下ICO的統計，每一磅豆子農民可以賺到多少錢(注意價格是美分，不是美元)：
Prices to Growers
可以發現牙買加(Jamaica)的咖啡農收入最好，而種植羅布斯塔種(Robustas)的地區收入多半不太好，羅布斯塔種通常用在即溶咖啡或罐裝咖啡，羅布斯塔種幾乎都是商業豆，雖然也有品質極好的精品豆，但很少見，一般是拿去做義式的配方豆。巴布亞新幾內亞(Papua New Guine)有同時種阿拉比卡種跟羅布斯塔種，很明顯收入有很大的落差，種阿拉比卡種的收入大多是2倍以上。
商業豆送到烘焙工廠，基本上不可能請人來挑豆的，幾噸的豆子你要請多少人？這成本太高了。大廠會用色選機來做自動篩選，小廠嘛...天知道。或是直接要求產區做品管，產區的人工通常比較便宜，大的產區也會使用機器來協助挑豆，這個網頁有大概介紹是怎麼挑豆的
絕世好豆-安晶咖啡莊園-篩選瑕疵豆，但是機器挑選一定會有漏網之魚，要求高就必須要有人工介入，所以正常而言店家在烘豆之前要再挑過一次(甚至不只一次)。
但是萬一工廠沒有認真做篩選呢？色選機也是可以調參數的，挑的太仔細去掉愈多生豆，損失就愈大。要挑到什麼程度或者要不要挑，基本上都是看價錢！然後，被挑出來的瑕疵豆去了哪裏了？名義上只能做肥料或飼料，實際上...在執法嚴格的國家可能不敢亂搞，在其它地方嘛，我想大家心裏有數！
通常我是不建議買大賣場已經烘好而且價格很低的熟豆，很難說裏面有多少瑕疵？有哪些瑕疵？如果只是物理性的瑕疵，像是碎豆、貝殼豆、蟲蛀豆這種影響到的是味道也就罷了；但如果是發霉豆，吃下去影響的是健康，除非您相信那句名言:每天吃一點點毒是不會死的！（發霉豆烘的又深又黑之後基本上是看不出來的，只能在生豆時趕快挑出來）
十幾年前的報導(不確定現在有沒有改善或惡化)：2002年經濟部標準檢驗局採樣自市面上進口的數百種咖啡豆，檢驗顯示，當時市售52件熟咖啡豆中有11件驗出赭麴毒素，比率高達21.2％。
但是商業豆不是不能買，也是有品質好的商業豆(味道就不能太要求)，要保險嘛，一種方式是買生豆回來自己挑過再烘；或者找自家烘焙而且會挑豆的店家直接跟他們買，通常咖啡店也是會進商業豆做成綜合豆的。再不然，找星巴克或illy這種大廠出的熟豆，可能比較安全。
至於養豆這件事，我個人是沒在計較的，當天烘好的也是照喝，有得喝比較重要嘛！基本上味道的本質還是一樣的，就是多了點草味，就看能不能接受了。