分割硬碟還有一個很重要的東西就注意，就是叢集大小。叢集是最小的儲存單位，如果一個叢集是 4K (Windows XP NTFS Default), 假設你有一百個檔案，每一個檔案只有 1K, 但因為你的叢集大小是 4K, 你仍然必須花費 4K x 100 = 400K 來儲存這一百個檔案。因此對有許多小檔案的硬碟而言，叢集太大是非常傷硬碟空間的。
而且 FAT32 的叢集數目有限，最多只能有 4,177,918 個，這意味著如果你把一個磁區割到 32G, 你的叢集最小要有 8K, 如果割更大，叢集大小將會被設得更大。除非你這個磁區專門用來放大檔案，不然割太大只會浪費空間而已。